Профсоюзная организация института объединяет свыше 1200 членов профсоюза. С ее участием в 1992 г., в критическое для Академии наук время, был создан Профсоюз работников Российской академии наук. С момента своего образования Профсоюз повел решительную борьбу за сохранение РАН, за повышение зарплат всем категориям работников и улучшение условий труда. Профсоюз добился подписания Межотраслевого соглашения с ФАНО и в настоящее время совместно с Министерством науки и высшего образования работает над заключением нового Межотраслевого соглашения. Активная позиция Профсоюза работников РАН и нашей профсоюзной организации позволили избежать при выполнении Указа Президента РФ о средних зарплатах в науке поголовного перевода научных сотрудников на неполную занятость и добиться выделения дополнительного финансирования для увеличения зарплат научных сотрудников, доведя ее до 90 тыс.руб. в месяц. Политика Профсоюза формируется при активном участии представителей профсоюзной организации ФТИ.
С 2000 г профсоюзная организация института входит в состав Ленинградской региональной организации Профсоюза (ЛРОРАН), объединяющей работников пяти организаций, в том числе ФТИ и ПИЯФ (всего более 2 500 членов профсоюза). Благодаря ЛРОРАН налажены тесные отношения с профсоюзами С.-Петербурга, региональными организациями Профсоюза РАН.
Уделяя основное внимание в своей деятельности производственным вопросам и охране труда, профсоюзная организация ФТИ стремится сохранить все славные традиции предшественников и оказывает содействие в организации санаторно- курортного лечения детей и взрослых, проведения экскурсий для сотрудников ФТИ и членов их семей, оказывает различные виды материальной помощи, обеспечивает работу художественной библиотеки, спортклуба, медпункта, детского оздоровительного лагеря ФТИ и базы отдыха, Совета ветеранов и СМУСа и др.